Интернет-магазин My-shop.ru
Акции   
Персональный раздел v
   Доставка    Оплата    Скидки    Форум    Помощь
для Москвы  +7 (495) 638-53-38
бесплатно для РФ  +7 (800) 100-53-38
 
0
Красиво и практично!Новогодние наборы My-shop.ru — лучшее решение вопроса с подарками под ёлку!Удобно и выгодно!
• 
Образование, учебная литература (189112)
• 
ВУЗовская литература (29004)
• 
Информатика. Электроника. Связь (1840)
• 
Учебники: доп. пособия (1183)



Введение в биоинформатику

Заглянуть внутрь (несколько страниц в формате PDF)
Введение в биоинформатикуВ учебном издании, написанном английским ученым — пионером в использовании приемов информатики в биологических исследованиях, ведущим преподавательскую работу в Кембриджском университете, изложены основы информационных технологий в применении к биологическим наукам. Приведены тексты некоторых программ, упражнения и задачи.
Для студентов университетов и научных работников.

Издательство: Бином. Лаборатория знаний
Серия: Вузовская и профессиональная литература. Биология

Рейтинг: - (голосов: 0)
Ваша оценка: 1 2 3 4 5  

дата выпуска: 2017 г. 
издание: 2-е
язык: русский
количество томов: 1
количество страниц: 318 стр.
переплет: твердый
размеры: 170x240 мм
формат: 70x100/16 (170x240 мм)
стандарт: 16 шт.
возрастная категория: 18+ (нет данных)
код системы скидок: 25
код в My-shop.ru: 470552

ISBN: 978-5-94774-501-6, 978-5-9963-1614-4


Леск А.М.автор/составительЛеск А.М., найти все товары


Содержание:

Предисловие редакторов русского издания. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Предисловие . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1. Введение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Сценарий . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Жизнь в пространстве и времени. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Догмы: основные и второстепенные . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
А рхивы данных и доступ к ним . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Курирование, аннотация и контроль качества . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Всемирная Паутина (The World Wide Web) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Что такое URL? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Электронные публикации . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
Компьютеры и компьютерные науки . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
Программирование. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Биологическая классификация и номенклатура. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Использование последовательностей для определения филогенетических
взаимосвязей. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Использование SINE и LINE для установления филогенетического род-
ства . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Поиск схожих последовательностей в базах данных: PSI-BLAST . . . . . . . . . 48
Структуры белков. Введение. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Иерархия в белковой архитектуре . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Классификация белковых структур. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Предсказание структур белков и белковая инженерия . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
Критическая оценка предсказания структуры (CASP) . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Белковая инженерия . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Медицинские аспекты . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Будущее. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Упражнения, задачи и компьютерные задания. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
2. Организация генома и эволюция . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Геномика и протеомика . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Гены. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
Белки. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
Протеомы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
Отслеживание передачи генетической информации. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Соответствие между картами. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
Генетические карты высокого разрешения . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Локализация генов в геноме . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Геномы прокариот . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
Геном бактерии Escherichia coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
Геном архея Methanococcus jannaschii . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Геномы наиболее просто организованных организмов: Mycoplasma
genitalium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Геномы эукариот. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Геном Saccharomyces cerevisiae (пекарские дрожжи) . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Геном Caenorhabditis elegans. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
Геном Drosophila melanogaster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Геном Arabidopsis thaliana . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Геном Homo sapiens (геном человека) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Белок-кодирующие гены. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Повторяющиеся последовательности . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
РНК. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP, СНП) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Генетическое разнообразие в антропологии. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
Генетическое разнообразие и идентификация личности . . . . . . . . . . . . . . . 121
Генетический анализ одомашнивания крупного рогатого скота. . . . . . . . . 122
Эволюция геномов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
Пожалуйста, передайте гены: горизонтальный перенос генов . . . . . . . . . . 127
Сравнительная геномика эукариот . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
Упражнения, задачи и компьютерные задания. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
3. Архивы и извлечение информации. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
Введение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
Оглавление базы данных и терминология поисковых систем. . . . . . . . . . . 136
Какие еще вопросы могут возникать. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
А нализ полученных данных . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
А рхивы. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
Базы данных последовательностей нуклеиновых кислот . . . . . . . . . . . . . . 139
Ген ингибитора бычьего панкреатического трипсина (последователь-
ность ДНК из базы данных EMBL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
Геномные базы данных . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
Базы данных белковых последовательностей. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
Базы данных, близкие SWISS-PROT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
PIR и связанные с ним базы данных . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
Базы данных структур . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
Индикаторы качества структуры . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
Ядерный магнитный резонанс (ЯМР) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Классификации белковых структур . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Специализированные, или локальные, базы данных . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
Базы данных по экспрессии и протеомике . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
Банки данных метаболических путей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Библиографические базы данных . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159
Обзоры баз данных и серверов по молекулярной биологии . . . . . . . . . . . . 159
Вход в архивы. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
Доступ к базам данных в молекулярной биологии . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Как приобрести навык работы в молекулярной биологии через Ин-
тернет? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
ENTREZ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Поиск по базе данных белков ENTREZ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162
Поиск в банке данных нуклеотидных последовательностей ENTREZ 162
Поиск в банке данных геномов ENTREZ. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166
Поиск в банке данных структур ENTREZ. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166
Поиск по библиографической базе данных PubMed . . . . . . . . . . . . . . . 168
Интерактивный каталог «Менделевская (по Менделю) наследствен-
ность человека» (OMIM) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
Система поиска последовательностей (Sequence Retrieval System, SRS) . . 170
Ресурс идентификации протеинов (Protein Identification Resource, PIR) . 173
ExPASy—экспертная система анализа белков. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Ресурс Ensembl. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Куда мы отправимся дальше?. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
Упражнения, задачи и компьютерные задания. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
4. Выравнивания и филогенетические деревья . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Выравнивание последовательностей. Введение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Точечная матрица сходства. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Точечные матрицы и выравнивание последовательностей . . . . . . . . . . . . . . . 192
Мера сходства последовательностей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
Схемы оценки. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
Получение матриц замен . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Матрицы BLOSUM. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Взвешивание вставок/делеций. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Расчет выравнивания для двух последовательностей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
Вариации и обобщения . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
Приближенные методы для быстрого поиска в базах данных . . . . . . . . . . 204
Алгоритм динамического программирования для построения оптимального
парного выравнивания последовательностей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
Значимость выравниваний. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
Множественное выравнивание последовательностей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
Связь множественных выравниваний последовательностей и структур . . . . 216
Программы для поиска множественного выравнивания последовательно-
стей по базам данных . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218
Профили . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
PSI-BLAST . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221
Скрытые марковские модели (HMM) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224
Филогения . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
Филогенетические деревья. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231
Методы кластеризации . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232
Кладистические методы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 235
Проблема переменной скорости эволюции . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236
Вычислительный анализ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
Упражнения, задачи и компьютерные задания. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238
5. Структура белков и разработка лекарств . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
Введение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
Стабильность и сворачивание (фолдинг) белков . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249
Графические представления по Сасисекхаран—Рамакришнан—Рама-
чандран для описания разрешенных конформаций основной цепи. . . 249
Боковые остатки. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252
Стабильность и денатурация белков . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253
Сворачивание (фолдинг) белков . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256
Применения гидрофобности . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 258
Совмещение структур и структурные выравнивания. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263
Выравнивание матриц расстояний с помощью программы DALI. . . . . . . . . . 266
Эволюция белковых структур. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267
Классификация структур белков . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270
База данных SCOP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270
Предсказание и моделирование белковых структур . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271
Критическая оценка предсказаний структуры (CASP) . . . . . . . . . . . . . . . . 274
Предсказание вторичной структуры . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275
Нейронные сети. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276
Моделирование по гомологии. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 280
Распознавание фолда. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283
3D-профили . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283
Использование 3D-профилей для определения качества структур . . . 284
Трединг . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 285
Распознавание фолда в CASP 2000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286
Вычисление конформационной энергии и молекулярная динамика . . . . . 287
Программа ROSETTA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290
Программа LINUS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292
Определение белковых структур в геномах. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293
Предсказание функции белка . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296
Дивергенция функций: ортологи и паралоги . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 297
Открытие и разработка лекарств . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 299
Лидерное соединение (Лид) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 300
Уточнение лида: количественное соотношение структура—
активность (QSAR) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 302
Компьютерный дизайн лекарств . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 304
Упражнения, задачи и компьютерные задания. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309
Заключение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314

Заглянуть внутрь (несколько страниц в формате PDF)
457 руб.
в наличии*
ориентировочная дата отгрузки: 14.12.2016 (Ср.)
шт.
отложить

|



С этим товаром часто покупают...
Цена: 90 руб.
Цена: 185 руб.
Цена: 90 руб.