Биофизика. В 2-х томах. Том 1. Теоретическая физика

Предисловие (В. А. Садовничий)
Предисловие к третьему изданию
Из предисловия к первому изданию
Введение
Часть первая
Биофизика сложных систем
Раздел I. Кинетика биологических процессов
Глава I. Качественные методы исследования
динамических моделей
§ 1. Общие принципы описания кинетического
поведения биологических систем
§ 2. Качественное исследование простейших
моделей биологических процессов
§ 3. Качественные методы исследования систем
дифференциальных уравнений
Глава II. Типы динамического поведения
биологических систем
§ 1. Биологические триггеры
§ 2. Колебательные процессы в биологии.
Предельные циклы
§ 3. Иерархия времен в биологических системах
§ 4. Стохастические модели взаимодействия
Глава III. Кинетика ферментативных процессов
§ 1. Простейшие ферментативные реакции
§ 2. Множественность стационарных состояний в
ферментативных системах
§ 3. Колебания в ферментативных системах
§ 4. Вероятностное описание переноса электрона в
мультиферментном комплексе
Глава IV. Процессы самоорганизации в
распределенных биологических системах
§ 1. Общая характеристика автоволновых
процессов
§ 2. Математические модели самоорганизующихся
структур
§ 3. Хаотические процессы в детерминированных
системах
Раздел II. Термодинамика биологических процессов
Глава V. Термодинамика систем вблизи равновесия
(линейная термодинамика)
§ 1. Первый и второй законы термодинамики
§ 2. Второй закон термодинамики в открытых
системах
§ 3. Соотношение между значениями движущих сил
и скоростей процессов
§ 4. Термодинамические критерии достижения и
устойчивости стационарных состояний
Глава VI. Термодинамика систем вдали от
равновесия (нелинейная термодинамика)
§ 1. Общие критерии устойчивости стационарных
состояний
§ 2. Термодинамика нелинейных кинетических
систем
§ 3. Энтропия, информация и биологическая
упорядоченность
Часть вторая Молекулярная биофизика
Раздел III. Пространственная организация
биополимеров
Глава VII. Пространственные конфигурации
полимерных молекул
§ 1. Статистический характер организации
полимеров
§ 2. Объемные взаимодействия и переходы глобула
- клубок в полимерных макромолекулах
§ 3. Фазовые переходы в белках
Глава VIII. Различные типы взаимодействий в
макромолекулах
§ 1. Взаимодействия Ван-дер-Ваальса
§ 2. Водородная связь. Заряд-дипольные
взаимодействия
§ 3. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
Глава IX. Конформационная энергия и
пространственная организация биополимеров
§ 1. Конформационная энергия полипептидной цепи
§ 2. Предсказания пространственной организации
белков
§ 3. Особенности пространственной организации
нуклеиновых кислот
§ 4. Состояние воды и гидрофобные
взаимодействия в биоструктурах
§ 5. Динамика фазовых переходов в
макромолекулах
§ 6. Сворачиваемость белка
Раздел IV. Динамические свойства глобулярных
белков
Глава X. Динамика белков
§ 1. Структурные изменения белков
§ 2. Конформационная подвижность белков по
данным различных методов
Глава XI. Физические модели динамической
подвижности белков
§ 1. Модель ограниченной диффузии (броуновский
осциллятор с сильным затуханием)
§ 2. Модель дискретных состояний и фазовых
переходов
§ 3. Численное моделирование молекулярной
динамики белков
§ 4. Молекулярная динамика белка
§ 5. Общая характеристика молекулярной
динамики биополимеров
§ 6. Нелинейные модели подвижности ДНК
§ 7. Молекулярное моделирование мембрано-
связанных участков белков и пептидов
Раздел V. Электронные свойства биополимеров
Глава XII. Электронные переходы в биополимерах
§ 1. Квантово-механические представления об
электронном строении молекул
§ 2. Электронные спектры биополимеров
§ 3. Оптическая активность биополимеров
Глава XIII. Механизмы переноса электрона и
миграции энергии в биоструктурах
§ 1. Биологические примеры
§ 2. Переходы в двухуровневой системе
§ 3. Туннельный эффект
§ 4. Переходы в двухуровневой системе при
наличии диссипативных процессов
§ 5. Электронно-колебательные взаимодействия в
молекулах
§ 6. Случай сильной и слабой электронно-
колебательной связи
§ 7. Перенос электрона по белковой цепи
§ 8. Индуктивно-резонансный механизм
§ 9. Обменно-резонансный перенос энергии
§ 10. Экситонный механизм
§ 11. Динамика электронно-конформационных
взаимодействий
Глава XIV. Механизмы ферментативного катализа
§ 1. Физико-химическое описание и биофизические
модели ферментативных процессов
§ 2. Электронно-конформационные взаимодействия
в ферментативном катализе
§ 3. Динамика фермент-субстратных
взаимодействий
§ 4. Электронные взаимодействия в активном
центре фермента
Рекомендуемая литература
Предметный указатель